Sonnenflecken werden durch örtliche Störungen im solaren Magnetfeld hervorgerufen. Bündel von Magnetfeldlinien steigen aus dem Inneren der Sonne bis in die Korona empor und behindern die Bewegung der Konvektionszellen, die wir wiederum als die so genannte Granulation mit hochauflösenden Teleskopen und geeigneten Filtern erkennen können. In diesen Zellen wirbelt die Hitze des Sonneninneren an die Oberfläche.